Das Fohlenbrennen ist derzeit viel diskutiert. Untersuchungen einer Forschungsgruppe um Christine Aurich von der Veterinärmedizinischen Universität Wien (Vetmeduni Vienna) konnte nun zeigen, dass Chippen und Brennen sich in den kurzfristigen Folgen für die Fohlen nur wenig unterscheiden. Sie erzeugten für die Tiere nahezu gleich viel akuten Stress. Die beim Fohlenbrennen entstehenden Verletzungen der Pferdehaut könnten jedoch das Wohlbefinden der Tiere auch mittelfristig empfindlich stören. Untersuchungen von Regina Erber und anderen ergaben, dass der Speichel von gechippten und gebrannten Fohlen nahezu identisch viel von dem Stresshormon Kortisol enthielt. Auch das Verhalten, die Körpertemperatur und die Herzfrequenz der Tiere beider Versuchsgruppen unterschied sich kaum. Daraus lässt sich ableiten, dass der Umgang mit den Tieren bei der Markierungsprozedur, wie beispielsweise das Festhalten, wesentlich für den Stress der Tiere verantwortlich ist und nicht der kurze Moment des Chippens oder Brennens selbst.
Jedoch führt das Anbringen der Brandzeichen zu Hautverbrennungen, die erst nach einer Woche wieder abgeheilt waren. Zudem konnte eine allgemein erhöhte Hauttemperatur nach dem Anbringen der Brandzeichen beobachtet werden, die einige Tage lang anhielt.
Dieses Phänomen tritt auch bei Menschen mit schweren Verbrennungen auf. Der Temperaturanstieg über die gesamte Haut fehlte jedoch bei den Tieren, denen ein Chip eingepflanzt wurde. Die Schäden am Hautgewebe, die durch das Brennen entstehen, sind den neuen Ergebnissen nach deutlich schwerer, als bisher vermutet.
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